Cesar sabia que Pompeyo había huido a Egipto,pero desconocía que había sido ejecutado.Reunió unas pocas tropas,muy pocas, y se dirigió a Alejandría,la capital de Egipto en esa época.
Fue recibido muy bien,se hizo una gran fiesta de bienvenida donde le fueron entregados numerosos regalos,entre ellos se encontraba una cesta con la cabeza de Pompeyo en su interior.Los egipcios pensaban que este regalo agradaría a Cesar,pero fue justo al contrario.
Cesar lloro desconsoladamente por la muerte de su antiguo yerno y aliado,condeno el asesinato y desembarco con sus tropas,instalándose en el palacio real.
Con la excusa del asesinato de Pompeyo,Cesar decidió apoderarse de todo Egipto,que era el granero de Roma.Intercedió en la disputa que por el trono estaban llevando Ptolomeo XIV y Cleopatra,convirtiendo a esta en su amante y obligando a ambos a compartir el trono de Egipto.
Pero los consejeros de Ptolomeo no estaban de acuerdo,y formaron un ejercito,con el que atacaron a las tropas romanas.Cesar se encerró en el palacio real y resistió el asedio durante cuatro meses,esperando la llegada de refuerzos.En uno de los ataques,la famosísima Biblioteca de Alejandria,con mas de 400.000 volúmenes que atesoraban todo el conocimiento de la época,ardió por los cuatro costados.
En enero de 47 a.c.,por fin llegan los refuerzos romanos.Cesar se une a ellos y presenta batalla a los egipcios ptolomeicos,venciéndolos fácilmente.
Egipto ya esta en manos de Cesar,al igual que Cleopatra.Cesar y Cleopatra deciden tomarse unas vacaciones,un crucero por el Nilo,y Cleopatra,que según dicen era bastante cariñosa,queda embarazada de Cesar.
El bebe se llamaría Cesarion,y poco mas tarde desapareció de la historia,aunque fue usado por los enemigos de Cesar como prueba de que cesar quería convertirse en faraón y traicionar a Roma.
En julio del 47,Cesar se ve obligado a marchar al Asia central,por la zona del mar negro.Allí un reyezuelo llamado Farnaces invade Armenia y el reino del ponto (norte de Turquía,aprox.),amenazando el dominio romano de la región.
En la batalla de Zela,Cesar aniquila al ejercito de Farnaces,en solo 4 horas.Es tal su superioridad,que en el informe que envía al Senado simplemente escribe :
“Veni,vidi,vinci” (llegue,vi y vencí)
Cesar regresa a Roma,perdona a todos sus enemigos (grave error,tenia esa mala costumbre) y al fin puede celebrar sus 4 triunfos (Galia, Hispania, Macedonia y Ponto).Tiene toda Asia pacificada,Egipto le pertenece y solo le quedan un par de reductos pompeyanos por conquistar,el norte de África e Hispania.
En el año 46 es elegido de nuevo cónsul,deja al mando de Roma al otro cónsul,Lepido,y al mando de 10 legiones marcha a Africa.
Allí le espera un potente ejercito de pompeyanos,al mando de Marco Porcio Caton y Metelo Escipion,un optimate que quería restablecer la república en Roma.Como aliados tiene a Juba,rey de Numidia,que aporta al ejercito pompeyano un gran numero de elefantes,y al rey de Mauritana,que se mantiene en la reserva.
Ambos ejércitos se encuentran en un lago seco, a las puertas de la ciudad de Tapso,en el actual Tunez.
Cesar maniobra rápidamente para que los elefantes no se puedan desplegar con facilidad,y los ataca con los arqueros y sus músicos (parece que las trompetas a todo volumen eran muy eficaces para causar el nerviosismo entre los elefantes). Los elefantes enloquecieron y se volvieron contra sus propias tropas,sembrando el pánico.Momento que aprovecho cesar para atacar la retaguardia con su caballería. Una victoria fácil. Todo el ejercito pompeyano fue masacrado y el rey mauritano se dio cuenta en el ultimo segundo que era mucho mejor ser aliado de Cesar que su enemigo.
Los enemigos de cesar fueron ejecutados o se suicidaron,como Caton,que se hizo el hara-kiri.
Numidia pasa a convertirse en provincia romana.
Cesar volvió a Roma,donde celebro otro triunfo,y donde es nombrado de nuevo dictador,por un espacio de diez años,para terminar con la guerra civil,que esta ya casi terminada,solo les queda a los pompeyanos el reducto de Hispania,donde se encuentran los hijos de Pompeyo.
Cesar se dirige hacia allí con 8 legiones y un gran numero de caballería mauritana.Con el van dos jóvenes oficiales,su sobrino Cayo Octavio y Marco Vipsanio Agripa.
Los pompeyanos,al mando de Cneo Pompeyo,disponen de 6 legiones,y un gran numero de guerreros béticos (de la provincia betica,la actual andalucia), perfectos conocedores de la zona donde se desarrollaría la batalla,la batalla de Munda,cerca de la actual Osuna.
En la que iba a ser su ultima batalla,Cesar estuvo a punto de perderla.Tanto,que en varias ocasiones el mismo cesar tuvo que acudir a primera linea para dar animo a sus soldados.
Cesar ataco por el flanco derecho,y Pompeyo retiro una legión del otro flanco,dejando un gran hueco que aprovecho la caballería cesariana,comandada por Octavio para dirigirse hacia el campamento pompeyano.El comandante de la caballería pompeyana se movió para repeler este ataque,movimiento que fue malinterpretado por la infantería pompeyana,que creyó que su caballería se estaba retirando.la desbandada de los pompeyanos fue total,pocos sobrevivieron.
La guerra civil había terminado